Да, может.Системы оплаты труда устанавливаются локальными актами работодателя (ст. 22 и 135 ТК РФ), он вправе определять ее состав, размеры и дифференциацию оплаты.
На практике, заработная плата подчиненного может быть выше по нескольким причинам:
- она установлена трудовым договором исходя из квалификации, выполняемых обязанностей и круга решаемых вопросов: они ценнее и значимее для компании, чем состав работ руководителя
- она установлена выше исходя из эффективности конкретного работника
- она установлена выше по внутриорганизационным причинам: например, подчиненный фактически руководит функцией, но номинально занимает должность ниже, т.к. руководителю сохраняют рабочее место
- работник фактически зарабатывает больше по выполняемым показателям (KPI, участие в проектах)