Никак.

Закон не предусматривает такого вида удержаний, как штраф за опоздание, применять его нельзя.

Почему так.

Это ухудшение условий работника в нарушение ст. 8 ТК РФ. Поэтому даже если включить механизм штрафования в ЛНА, все равно именно штрафовать нельзя.
Штрафы - прерогатива государственных органов, у работодателей таких полномочий нет.

Что можно сделать.

Можно снизить премию до 20% за дисциплинарный проступок. Взыскание оформляется по правилам ст. 193 ТК РФ не позднее 1 месяца со дня обнаружения, установить виновность и оценить последствия.
Если последствия негативны для компании: например, опоздал (проступок) - не открыл вовремя магазин (виновность) - компания потеряла выручку (последствия) - то взыскание налагается и по решению применяется мера по снижению премии.
Если последствий нет, опоздание работника не изменило результат, то наложение взыскание спорно и рублем наказать не получится. Только словом.