Как прописать премии в договоре ГПХ?

Если указать условия по оплате по системе оплаты труда, пусть оклад и премия, то это налоговый риск.
Так вы косвенно подтвердите трудовые отношения, замаскированные в договоре ГПХ. При проверке ФНС переквалифицирует гражданский договор в трудовой с доначислением налогов, взносов и штрафа.

Если все же нужно обозначить сверхусловие оплаты, то есть 2 варианта.

Первый вариант.

Договор ГПХ заключается с перечнем работ (услуг) и с разной оплатой за каждую из работ. В акт включаются работы, покрывающие договоренности по оплате с дополнительным вознаграждением или без него.

Второй вариант.

Договор ГПХ заключается на объем часов выполнения. В окончание работы конечная сумма регулируется фактическим количеством часов в акте.